[판례]
대법원 2020.12.24. 선고 2019두44378 판결
- 갑 주식회사가 미국 법인 을 회사와 라이선스 계약을 체결하고 로열티를 지급하고 있는 병 유한회사와 위탁수입계약을 체결한 후 물품을 수입하여 병 회사에 전부 공급하면서, 로열티를 물품의 과세가격에 가산하여 관세 및 부가가치세를 신고·납부해 오다 통관지 세관장에게 로열티에 상당하는 세액의 환급을 구하는 경정청구를 하였고, 통관지 세관장이 이를 인용하는 감액경정을 하였는데, 정 세관장이 갑 회사에 대하여 관세조사를 한 후 로열티가 물품의 과세가격에 가산되어야 한다며 관세 및 부가가치세 증액경정을 하였고, 이에 따른 세금을 납부한 갑 회사에 경정·납부된 부가가치세 세액에 대하여 수정수입세금계산서가 발급되었으나, 감사원이 갑 회사가 경정청구 과정에서 위탁수입계약이 종료되었다고 사실과 다르게 설명하는 등 갑 회사에 귀책사유가 있다며 수정수입세금계산서의 발급을 취소하도록 요구함에 따라, 무 세관장이 증액경정에 따른 부가가치세에 대한 각 수정수입세금계산서의 발급을 취소하자, 갑 회사가 위 각 수정수입세금계산서의 재발급을 신청하였으나 무 세관장이 이를 거부한 사안에서, 증액경정의 대상이 된 갑 회사의 물품에 관한 수입신고는 당초 감액경정에 따른 것이므로, 갑 회사에 구 부가가치세법 제35조 제2항 제2호 (다)목에서 말하는 귀책사유가 있다고 볼 수 없어, 수정수입세금계산서의 재발급을 거부한 처분은 위법하다고 한 사례

[요약]
대상판결에서는 원고가 지급한 로열티를 수입신고 가격에 가산할 것인지에 대한 질의 및 경정청구에서 세관이 가산대상이 아니라는 취지로 감액경정을 한 후 원고의 사실관계 설명이 잘못되었다는 이유로 감액경정을 번복하고 가산세 부과 및 수정수입세금계산서 발급을 거부할 수 있는지가 쟁점이 되었다.
물품의 수입자가 신고한 관세의 과세가격이 달라져 수정신고를 하면 세관장이 이를 반영하여 수정수입세금계산서를 발급하고, 수입자는 이와 같은 수정수입세금계산서를 토대로 후속 부가가치세를 처리하게 된다. 그런데 부가가치세법 개정으로 과세당국이 수입재화에 대한 부가가치세 과세표준 또는 세액을 결정ㆍ경정하거나, 수입자가 관세조사 등이 있어 과세표준 또는 세액을 결정ㆍ경정할 것을 미리 알고 수정신고하는 경우 등 원고의 귀책사유가 있는 경우에는 세관장이 수정수입세금계산서를 발급할 수 없게 되었다.
대법원은, 이 사건 증액경정의 대상이 된 원고의 이 사건 물품에 대한 수입신고는 실지조사권을 가진 세관장이 이 사건 경정청구를 심사한 후 인용한 당초 감액경정에 따른 것이므로, 그 후 이에 관하여 이 사건 증액경정이 있었더라도 과세가격에 로열티를 가산하기 위한 요건이 충족되었는지 여부에 대하여 법리상 다툴 수 있는 여지가 있으므로 원고에게 구 부가가치세법 제35조 제2항 (다)목 소정의 귀책사유가 있다고 볼 수 없고, 로열티를 수입물품의 과세가격에 가산하지 않고 관세 등을 신고한 점에 관해 원고에게 그 의무를 게을리한 점을 비난할 수 없는 정당한 사유가 있다고 판단하였다.
대상판결은 로열티가 수입신고 가격에 가산되는지에 관해 관세법 제30조 제1항 제4호 소정의 관련성 및 거래조건성 요건 충족 여부 판단을 위한 납세의무자의 과세자료 제출의무의 정도 및 과세관청의 증명책임, 나아가 수정수입세금계산서 발급 및 관세법상 가산세 면제대상에 대한 법리를 상세히 밝혀 중요한 선례로서의 의미가 있다.

[목차]
1. 사실관계
2. 쟁점의 정리
3. 판결의 요지
   (가) 원심판결
   (나) 대상판결
4. 평석
   (가) 관련 법리
   (나) 검토
5. 마치며

[분량]
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[기타]
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